咳嗽常見的病因為急性呼吸道感染，多半為上呼吸道感染，只有極少數的人病人胸部X光可見肺炎。慢性咳嗽病人中，若有吸煙者，以慢性支氣管炎最常見。而不吸煙者以慢性鼻炎鼻竇炎引起之後鼻滴痰也會誘發咳嗽，也就是俗稱的鼻涕倒流。此外支氣管哮喘，胃食道逆流，也是常見的病因。
其他病因如：肺癌、異物吸入、吸入性症候群（中風病人、老年人、及食道疾患較常見）、肺纖維化、耳鼻喉科疾病（鼻瘜肉、外耳道疾患、懸壅垂太長）、心因性咳嗽、藥物引起的咳嗽（例如：某些降血壓藥物—ACE inhibitor, b-blocker）、心衰竭等。
中醫認為咳嗽的病因有外感、內傷兩大類。外感咳嗽為六淫外邪侵襲肺系；內傷咳嗽為臟腑功能失調，內邪干肺。不論邪從外入，或自內而發，均可引起肺失宣降，肺氣上逆作咳。
外感六淫外邪侵襲肺系，多因肺的衛外功能減退或失調，以致在天氣冷熱失常，氣候突然變化的情況下，六淫外邪或從口鼻進入，或從皮毛感受得之。《河間六書˙咳嗽論》論：「寒、暑、燥、濕、風、火六氣，皆令人咳嗽。」即是此意。由於四時的主氣不同，因而人體感受的致病外邪亦有區別。春季以風邪為主、夏季以暑邪為主、長夏以濕邪為主、秋季以燥邪為主、冬季以寒邪為主，而邪氣壅肺亦可化熱化火。
風為六淫之首，其他外邪多隨風邪侵襲人體，所以外感咳嗽常以風為先導，挾有寒、熱、燥等邪。明代著名的中醫大師張景岳曾倡「六氣皆令人咳，風寒為主」之說，認為以風邪挾寒者居多。
內傷總由臟腑功能失調，內邪干肺所致。可分其他臟腑病變涉及於肺與肺臟自病兩種。他臟及肺的咳嗽，可因情志刺激，肝氣失調，失於疏泄，氣鬱化火，氣火循經上逆犯肺所致；或由飲食不當，嗜煙好酒，熏灼肺胃；或過食油膩辛辣，導致脾失健運，水濕不化，凝聚成痰，痰濁內生，上干於肺致咳。因肺臟自病者常由肺系多種疾病遷延不愈，肺臟虛弱，氣陰耗損，肺的主氣功能失常，肅降無權，而致氣逆而咳。
外感咳嗽屬於邪實，為外邪犯肺，肺氣壅遏不暢所致，若不能及時治療，祛邪外達，可進一步發生演變轉化，表現風寒化熱，風熱化燥或肺熱蒸液成痰。
內傷咳嗽多屬邪實與正虛並見。病理主因為「痰」與「火」。但痰有寒熱之別，火有虛實之分；痰可鬱而化火（熱），火可煉液灼津為痰。他臟及肺者，多因邪實導致正虛，如：肝火犯肺每見氣火耗傷肺津，煉液為痰；痰濕犯肺者，多因脾失健運，水穀不能化為精微上輸以養肺，反而聚為痰濁，上聚於肺，肺氣壅塞，上逆為咳；若久延失治，導致脾肺兩虛，氣不化津，則痰濁更易滋生，此即「脾為生痰之源，肺為貯痰之器」的道理。甚則病延及腎，腎氣為先天之本，若病及腎，造成腎不納氣，以致於由咳至喘。
此外痰濕蘊肺，遇到外感誘發，轉從化熱，則可表現為痰熱咳嗽。而肺臟自病的咳嗽，多為因虛致實，如肺陰不足每致陰虛火炎，灼津為痰，肺失濡潤，氣逆作咳；或肺氣虧虛，肅降無權，氣不化津，津聚成痰，氣逆於上，引起咳嗽。
外感咳嗽與內傷咳嗽還可相互影響為病，久延則邪實可轉為正虛。外感咳嗽如遷延失治，邪傷肺氣，更易反覆感邪，而致咳嗽屢作，肺氣益傷，逐漸轉為內傷咳嗽；肺臟有病，衛外不強，易受外邪引發或加重，特別在氣候轉寒時尤為明顯，久則從實轉虛，肺臟更為虛弱，氣陰兩傷。由此可知，咳嗽雖然外感、內傷之分，但有時又可互為因果。如有咳嗽症狀，理應及早治療，以免症狀加重，使病情更為複雜。
在就診時，病人可主動告知相關病史：
是否抽煙？
居家環境、工作環境、職業。
咳嗽的時間（清晨、白天、夜晚）、在哪些情況下咳的特別厲害？咳嗽的症狀有多久了（幾天、幾個月、幾年）？
有無痰液？痰的性質（黏稠、水稀、泡沫樣）？痰的顏色（黃、白、綠、挾有血絲）？
過往之胸腔疾病（肺結核病史或其他）？有無接受其他治療？
正在服用其他藥物？
咳嗽是一個以症狀為名的病症，不同的疾病應針對病因治療，只是一味止咳，只能治標無法根治咳嗽，有時甚至使得病邪無法排出體外。
診斷咳嗽必須先分清屬於外感咳嗽或是內傷咳嗽，外感咳嗽由感受六淫之邪引起，兼有相應的症狀，起病急，病程短。內傷咳嗽則有較長的咳嗽病史，多兼臟腑虧損的症狀，起病緩、病程長。外感或內傷咳嗽各種常見證候的臨床特點如下：
外感咳嗽
風邪傷肺：咳嗽鼻塞聲重，口乾咽癢，常常說話說到一半就會咳嗽。
寒邪傷肺：咳嗽時胸部緊縮感，聲音嘶啞，惡寒怕冷，天冷時咳嗽加重。
濕邪傷肺：咳嗽有痰，身體沈重，頭昏且重，伴有骨節酸痛。
燥邪傷肺：乾咳無痰，或痰少不易咳出，喉間作癢，口乾鼻燥。
火邪傷肺：咳嗽有痰，痰黏難出，或痰中有血，咽喉乾或痛，伴有發燒症狀。
內傷咳嗽
痰濁犯肺：咳嗽痰多，痰咳出後咳嗽即止。
肝火犯肺：咳嗽連聲不已，胸部及側胸部疼痛，情緒變化時咳嗽症狀加重。
陰虛咳嗽：咳嗽日久，痰少而黏，口乾舌燥，心煩，手心熱甚。
氣虛咳嗽：咳嗽日久，呼吸不暢，語聲低微，稍動即喘，無力感，易累，自汗。
不論中醫或西醫治療，都必須針對病因治療，而西醫針對咳嗽的症狀，常給予鎮咳藥物和化痰藥物，鎮咳藥物用在無其他特殊治療或特殊治療效果緩慢時，為能使症狀緩解時使用為輔助治療，其藥理作用為周邊咳嗽受體作用藥物，如：各種糖漿；以及咳嗽中樞作用藥物，如：Narcotics類以及Non-narcotics類，Non-narcotics類例如dextromethorphan (Medicon)。化痰藥物則可以使痰液較稀，容易咳出。
中醫的辨證論治，如前所述，最重要的是要辨明外感、內傷，及其見證的屬虛屬實。外感是由外邪侵襲引起的，多是實證；內傷咳嗽，是臟腑功能失調引起的，多是虛證或虛中挾實。在治療方面，外感咳嗽當以宣肺散邪為主，邪祛則正安；內傷咳嗽則根據虛實夾雜和病情緩急，確定標本先後，根據虛實調理治療。
內傷咳嗽與外感咳嗽其辨證要點如下：
分清外感、內傷：一般而言，外感咳嗽多是新病，常在受涼之後，突然發生，伴有鼻塞流涕、噴嚏、咽癢、頭脹痛、全身痠楚、惡風惡寒、發熱等症狀。內傷咳嗽多是舊病，起病緩慢，往往有較長的咳嗽病史，有其他臟腑病症，如：疲乏無力感、胸悶胸痛、食慾不佳、便秘或時常腹瀉，根據這些兼症可以幫助內傷咳嗽的診斷。臨床上，還必須根據不同咳嗽的病因病機，落實到具體的臟腑和陰陽氣血上，為治療提供依據。但是，內傷咳嗽患者，由於肺虛，容易感受外邪，特別是在天氣變冷的時候，往往受到外邪侵襲，而使咳嗽加重，這時咳嗽是由外感、內傷兩方面的原因造成的。
辨咳嗽的聲音及發作時間：咳聲高揚者屬實，咳聲低弱者屬虛；咳嗽常發生於白晝、鼻塞聲重者多為外感咳嗽。晨起咳嗽陣發加劇，咳嗽聲連續重濁，多為痰濁咳嗽。夜臥咳嗽較劇，持續難以停止，呼吸短促，疲累乏力者，多為氣虛或陽虛咳嗽。
辨痰的顏色、性質及數量：痰少或乾咳無痰者，多屬燥熱、陰虛。痰多者多屬痰濕、痰熱、虛寒。痰白而稀薄者屬風、屬寒；痰白而稠厚者屬濕；痰黃而黏稠者屬熱。痰中帶血多屬熱傷肺絡或陰虛肺燥。
外感咳嗽，既以外邪為主因，治療上當以祛邪為主，病位既在於肺，則應當宣暢肺氣，所以治療的大原則為「宣肺祛邪」。但由於肺為臟腑的華蓋，位居於橫膈之上，故藥性宜清揚，所謂「治療上焦的疾病，所用的藥物特性要像羽毛一樣輕盈」。再就本病的特徵，除重視化痰之外，也要注意順氣，才能使痰清氣順，氣不上逆，咳嗽就易於治療。需要注意的是外感咳嗽，切忌一味的斂肺止咳，或病起之初，就用補藥或收澀藥，反而使得肺氣不暢，外邪內鬱，痰濁不易排除，咳嗽症狀更加嚴重。另一方面，也要注意宣肺不可太過，以免損傷正氣。
內傷咳嗽，病程一般較長，有先病在肺而影響他臟的，也有他臟先傷而病及於肺的。其中肺、脾、腎三臟的關係尤其密切。正虛邪實者，當祛邪止咳，兼以扶正；正虛為主的，則當根據虛之所在而著重補正。
外感咳嗽與內傷咳嗽的轉歸，從疾病性質上來說，主要是由實轉虛的變化。從臟腑病轉歸來說，主要是肺、脾、腎的轉移。外感咳嗽多屬突然發生，屬實，其病在肺，但若沒有及時治療，則可以由外感轉為內傷而累及他臟。一般來說，病在肺病情較輕，病在脾病情較重，病在腎病情尤其嚴重。明代醫家張景岳也認為：「五臟皆有精氣而又惟腎為元精之本，肺為元氣之主，故五臟之氣分受傷，則病必自上而下，由肺由脾而極於腎；五臟之精分受傷，則病必自下而上，由腎由脾以及於肺，肺腎俱病則他臟不免矣。」
由此可見，由肺及脾至腎的過程，即是病程由輕轉重的過程。故病在肺脾時，還容易治療，及至於腎則治療棘手，預後較差。
除了注意肺脾腎的關係外，肝火犯肺也是咳嗽常見的證型，由於現代人生活壓力大，神經緊張，導致失眠、情緒暴躁，以及飲食習慣改變，烤炸辣的食物吃太多，都會導致肝火旺盛的體質。一旦有咳嗽症狀出現，常常會伴隨慢性支氣管炎、或是一些神經官能症。因此不能忽視肝火犯肺的影響，這是古代醫書較少提及，而現代中醫必須思考的部分。
此外，還必須注意肺與心的關係，肺主氣，心主血，氣血相關，肺臟病變，日久必及於心，內傷咳嗽若反覆發作，日久不愈，常導致肺、腎、心、脾虧虛，而出現氣滯、痰凝、血瘀、水停，而演變為肺脹，或是慢性肺病。
避免咳嗽的發生，平時應注意環境衛生，避免有害煙塵和廢氣的的危害，保持運動的習慣，視個人體力選擇適當的運動，例如：每天散步三十分鐘或每週慢跑二次，每次三十分鐘，可以鍛鍊身體，改善體質，增強抵抗力。此外吸煙對呼吸道是一種刺激，應當戒除。
咳嗽患者，應忌食辛辣，烤炸類食物以及一切冰品，注意氣候變化，預防感冒，盡量避免出入公共場所，因為感冒是引起咳嗽發生、復發和加重的重要原因，應極力預防。就肝火與痰濕而言，常常與情緒和飲食有關，因此保持心情愉快，飲食清淡也有助於平時保養和病情的改善。
若久咳不愈，可以藉助西醫相關儀器，如：X光檢查、肺功能檢查、支氣管鏡檢、以及胃食道系統檢查，或是抽血做常規實驗室檢查，以釐清現代醫學之病因。一般而言，咳嗽可以接受中醫治療，而內傷咳嗽患者，尤其是久嗽，應積極針對病因進行治療及護理照顧。
中西醫合作治療病患已是醫療的趨勢，為維護國人健康，落實社區健康管理，實踐個人養生保健，全省許多大醫院已經推行中西醫聯合門診，或是中醫師會診住院患者，這是由於中醫現代化已經廣為國人肯定的結果。因此尋求中醫治療咳嗽，不但可以治病求本，更可以針對個人體質，辨證論治，以提高治療的效果。